We wszystkich wioskach w Naruto, znajdują się klany, które posiadają zaawansowaną linię genetyczną. Są to jedyne w swoim rodzaju cechy, przekazywane z pokolenia na pokolenie. W niektórych klanach ta linia genetyczna jest rozdzielana. Jest tak w przypadku Hyuuga, mowa tutaj o Byakugan. Nie ma takiej możliwości, żeby obcy osobnik mógł stać się posiadaczem takich cech.

Wiele innych klanów zrobi wszystko co w ich mocy by stać się posiadaczem wyższych linii genetycznych, ponieważ z obecną technologią DNA może być użyte do dodania tej cechy normalnej osobie. Przykłady wyższych linii genetycznych zawierają Sharingan klanu Uchiha i Byakugan klanu Hyuuga. Każda wyższa linia genetyczna ulepsza określoną część lub części ciała, takie jak oczy czy szybkość.

Haku - jego klan nie jest znany - też miał zaawansowaną linię genetyczną, która również po części pozwalała wykonywać szybsze ruchy. Można też zauważyć, że zaawansowanej linii genetycznej nie można się nauczyć jak i skopiować. Dzięki temu nie zawsze do ataku można wykorzystywać Chakre. Byakugan bądź Sharingan będą w stanie widzieć ruchy, jednak że zaawansowana linia genetyczna nie zostanie skopiowana.